Lê Minh Thông sinh ngày 20 tháng 12 năm 1961, quê quán ở xã Định Hải, huyện Tĩnh Gia (nay là thị xã Nghi Sơn), tỉnh Thanh Hóa, là con thứ 3 trong 5 người con của ông Lê Định Thành và bà Mai Thị Lới. Năm 1968, khi ông mới lên 7 tuổi thì nhận được tin người cha hy sinh ở chiến trường Quảng Trị. Ông hiện cư trú ở Số 04 Lương Thế Vinh, phường Ba Đình, thành phố Thanh Hóa, tỉnh Thanh Hóa.